Microbiote intestinal - SIBO & CANDIDOSE

LE MICROBIOTE INTESTINAL : Un Acteur Clé de la Santé  

AGCC, SIBO, SIFO (Candidose)

Les découvertes récentes sur le rôle du microbiote intestinal et l’importance du tube digestif dans la santé et la maladie figurent parmi les avancées scientifiques majeures de ces dernières décennies.

Il est désormais reconnu que de nombreuses pathologies pourraient être liées à un déséquilibre de cette communauté microbienne, composée de milliers de milliards de bactéries vivant principalement dans notre côlon.

Cette vision transforme l’approche thérapeutique en considérant le microbiote intestinal comme un organe à part entière.

En effet, cet écosystème dynamique, qui abrite autant de micro-organismes que notre organisme compte de cellules, joue un rôle essentiel dans de nombreux processus biologiques.

Un Siècle de Recherche sur le Microbiote

L’étude du microbiote intestinal remonte au début du XXᵉ siècle. Tandis que Louis Pasteur et ses contemporains s’intéressaient aux bactéries pathogènes, certains chercheurs exploraient déjà les bienfaits des bactéries probiotiques.

Toutefois, l’ampleur de leur impact sur notre santé n’a été réellement mise en lumière qu’au cours des dernières décennies.

Aujourd’hui, un nombre croissant de publications scientifiques confirme l’influence du microbiote sur le développement de nombreuses maladies dites de civilisation, telles que :

• Les maladies métaboliques (diabète, obésité)
• Les troubles gastro-intestinaux (syndrome de l’intestin irritable, colites)
• Les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI : maladie de Crohn, rectocolite hémorragique)
• Les pathologies cardiovasculaires
• Les troubles du système nerveux (dépression, anxiété)

Un Rôle Majeur dans l’Équilibre de l’Organisme

1. LES AGCC Acides Gras à Courtes Chaînes, Butyrate

Le microbiote intestinal influence la digestion, l’immunité et même le métabolisme. Il participe notamment à la fermentation des fibres alimentaires, produisant des acides gras à chaîne courte (AGCC) aux effets bénéfiques :

• Acétate, propionate et butyrate : impliqués dans la régulation de l’appétit (via la leptine, hormone de la satiété), la diminution de l’inflammation intestinale, la réduction des taux de triglycérides Tg et de cholestérol LDL, ainsi que la prévention du cancer colorectal.

Des analyses spécifiques permettent d’évaluer les taux de ces AGCC, en particulier le butyrate, afin d’adapter les approches nutritionnelles et thérapeutiques.

Un Équilibre Fragile, Influencé par l’Environnement

L’équilibre du microbiote dépend de nombreux facteurs externes, notamment :

• L’alimentation : un excès de sucres fermentescibles (FODMAPs), d’aliments ultra-transformés ou une carence en fibres peuvent altérer la diversité bactérienne.
• Le stress : un facteur majeur influençant la perméabilité intestinale et l’équilibre microbien.
• Les médicaments : certains traitements, notamment les antibiotiques, peuvent perturber la flore intestinale.

Les avancées en microbiologie ouvrent la voie à une nouvelle approche de la santé, plaçant l’équilibre du microbiote intestinal au cœur des stratégies de prévention et de traitement.

La communauté de bactéries, de virus et de champignon est fondamentale pour la santé de l’hôte et influencée par des facteurs environnementaux tels que l’alimentation, le stress etc.

LE SIBO ET LA CANDIDOSE – Deux déséquilibres intestinaux à ne pas négliger

2. SIBO

Définition et Physiopathologie du SIBO

Le SIBO (Small Intestinal Bacterial Overgrowth), ou prolifération bactérienne de l’intestin grêle, est un trouble digestif caractérisé par une présence excessive et anormale de bactéries dans cette partie du tube digestif.

Normalement, l’intestin grêle contient une quantité limitée de bactéries en raison de la motilité intestinale, de la présence de sucs digestifs antimicrobiens et de la barrière acido-gastrique (l’HCL ou acide chlorhydrique, acidité gastrique).

Cependant, un déséquilibre peut survenir et favoriser la colonisation excessive de micro-organismes normalement restreints au côlon.

Cette prolifération entraîne une fermentation accrue des glucides alimentaires, produisant des gaz tels que :

• L’hydrogène,
• Le méthane et parfois
• Le sulfure d’hydrogène

Des gaz responsables de symptômes digestifs caractéristiques du SIBO.

La perturbation du microbiote intestinal peut également affecter l’absorption des nutriments, entraînant des carences en vitamines liposolubles (A, D, E, K), en B12, ainsi qu’une malabsorption des graisses. (Selles graisseuses, collantes, flottantes)

CAUSES ET FACTEURS PREDISPOSANTS

Divers facteurs peuvent être à l’origine du SIBO :

• Hypochlorhydrie : une production insuffisante d’acide chlorhydrique (due à l’âge, la prise d’inhibiteurs de la pompe à protons (Oméprazole,  Pantoprazole etc.) ou une gastrite chronique) favorise la prolifération bactérienne.
• Dysfonctionnement de la motilité intestinale : observé dans des pathologies comme le syndrome de l’intestin irritable (SII) ou après une chirurgie abdominale, bariatrique.
• Altération de la valvule iléo-cæcale : un reflux de bactéries coliques vers l’intestin grêle peut favoriser l’implantation bactérienne excessive.
• Déséquilibre du microbiote intestinal : une dysbiose* préexistante ou une prise excessive d’antibiotiques peuvent modifier la flore digestive.
• Malabsorption et troubles métaboliques : certaines conditions comme l’intolérance au lactose* ou des pathologies endocriniennes (diabète, hypothyroïdie) sont associées au SIBO.

*Modification qualitative et quantitative du microbiote intestinal

* L’intolérance au lactose est un problème de digestion du sucre (lactose) contenu dans le lait et ses dérivés. Elle résulte d’un déficit (sécrétion) en lactase, l’enzyme permettant de digérer le lactose (Hydrolysé en glucose et galactose). Les signes d’intolérance se traduisent par des maux de ventre (douleurs abdominales), de modification du transit intestinal : des diarrhées, des ballonnements, des réactions cutanées voire des vomissements ou des nausées.

SYMPTOMES ET COMPLICATIONS

Les manifestations cliniques du SIBO sont variées et peuvent inclure :

• Ballonnements, distension abdominale
• Flatulences excessives (non odorantes)
• Diarrhée ou constipation (en fonction des gaz produits)
• Douleurs abdominales, crampes
• Fatigue chronique, brouillard mental
• Perte de poids involontaire
• Déficiences nutritionnelles (B12, fer, vitamines liposolubles)

En l’absence de prise en charge adéquate, le SIBO peut entraîner une inflammation chronique de l’intestin, une perméabilité intestinale accrue (leaky gut) et aggraver certaines maladies inflammatoires ou auto-immunes. (RCH, Crohn)

DIAGNOSTIC ET APPROCHES THÉRAPEUTIQUES DU SIBO

Le diagnostic repose sur :

1. Un test respiratoire aux gaz fermentaires (hydrogène et méthane). Ce test consiste à ingérer un substrat fermentable (glucose ou lactulose) et à mesurer les gaz expirés à intervalles réguliers. Une élévation précoce des taux de gaz indique une fermentation excessive dans l’intestin grêle.
2. Des bilans évaluent l’activité métabolique du microbiote intestinal et détectent une prolifération bactérienne et/ou fongique excessive. Les métabolites microbiens absorbés par la muqueuse intestinale passent dans le sang avant d’être éliminés par les urines. Ce bilan quantifie, dans les urines, des marqueurs reflétant une prolifération de levures type Candida (module fongique) et/ou une surcroissance bactérienne de fermentation ou de putréfaction (module bactérien).

D’autres approches incluent l’aspiration du liquide intestinal par endoscopie et son analyse bactériologique, bien que cette méthode soit invasive et rarement utilisée.

Approches Thérapeutiques et Prise en Charge Holistique

1. Phytothérapie et Antimicrobiens Naturels :
   • Huile d’origan, Berbérine, extrait de pépins de pamplemousse
2. Rééquilibrage du microbiote :
   • Probiotiques spécifiques (notamment ceux contenant Bacillus Coagulans, Saccharomyces boulardii)
   • Prébiotiques adaptés, en évitant ceux qui fermentent excessivement
3. Modification alimentaire :
   • Régime pauvre en FODMAPs sur une période réduite, pour réduire la fermentation
   • Régime spécifique au SIBO (SIBO Bi-Phasic Diet, GAPS, SCD : Régime en glucides spécifiques)
   • Jeûne intermittent pour favoriser le complexe moteur migrant (CMM*), qui aide à nettoyer l’intestin grêle
4. Soutien à la digestion :
   • Enzymes digestives et suppléments en acide chlorhydrique si nécessaire
   • Soutien de la motilité intestinale (gingembre, 5-HTP, prokinétiques naturels)
5. Gestion du stress et du système nerveux entérique :
   • Techniques de relaxation (cohérence cardiaque, yoga, méditation)
   • Optimisation du sommeil et réduction de l’inflammation systémique

Dans certains cas l’antibiothérapie ciblée est nécessaire (Efficace sur les bactéries productrices d’hydrogène) Rifaximine (antibiotique non absorbé, efficace sur les bactéries productrices d’hydrogène), Néomycine ou métronidazole (en cas de production de méthane)

*Complexe CMM : Le complexe moteur migrant (CMM) est un cycle de contractions rythmiques de l’estomac et de l’intestin grêle qui survient entre les repas pour nettoyer le tube digestif des résidus alimentaires (fibres) et excès de bactéries du microbiote.  

 

CONCLUSION SIBO

Le SIBO est une pathologie complexe, impliquant de nombreux systèmes physiologiques et nécessitant une prise en charge multidisciplinaire.

Un diagnostic précoce auprès de votre médecin généraliste permet d’exclure d’autres pathologies, tandis qu’une approche thérapeutique intégrative améliore significativement la qualité de vie.

Une prise en charge personnalisée, combinant micronutrition et phytothérapie ciblée, soutien nutritionnel et rééquilibrage du microbiote, est essentielle pour une rémission durable.

3. LA CANDIDOSE – SIFO – Une Infection Fongique à Large Impact

Définition et Physiopathologie de la Candidose

La candidose est une infection causée par une prolifération excessive de champignons du genre Candida, principalement Candida albicans.

Présente naturellement dans le microbiote intestinal, la flore vaginale et la cavité buccale, Le Candida devient pathogène lorsqu’un déséquilibre du microbiote (dysbiose) lui permet de proliférer de manière incontrôlée.

Cette prolifération excessive peut entraîner une inflammation intestinale, une perméabilité accrue de la paroi intestinale (favorisant le passage de toxines et de fragments bactériens dans la circulation sanguine) et des troubles systémiques tels que fatigue chronique, brouillard mental et troubles dermatologiques.

CAUSES ET FACTEURS DECLENCHANTS

• Prise excessive d’antibiotiques : destruction des bactéries protectrices du microbiote intestinal.
• Alimentation riche en sucres et en glucides raffinés : favorise la croissance fongique.
• Système immunitaire affaibli : stress chronique, maladies auto-immunes, VIH, traitements immunosuppresseurs.
• Déséquilibre hormonal : usage prolongé de contraceptifs hormonaux, grossesse, diabète mal contrôlé.
• Dysbiose intestinale préexistante : SIBO, syndrome de l’intestin irritable.

SYMPTOMES ET MANIFESTATIONS CLINIQUES

Les symptômes de la candidose varient selon l’organe touché :

• Candidose intestinale : ballonnements, diarrhée ou constipation, douleurs abdominales, intolérances alimentaires.
• Candidose buccale : langue blanche, sensation de brûlure dans la bouche.
• Candidose vaginale : démangeaisons, pertes blanchâtres épaisses, douleurs lors des rapports.
• Manifestations systémiques : fatigue chronique, douleurs articulaires, anxiété, dépression, eczéma, psoriasis, brouillard cérébral etc.

DIAGNOSTIC

Le diagnostic repose sur :

• L’analyse des antécédents et des symptômes cliniques.
• Des tests de laboratoire (Test sanguin pour les anticorps anti-Candida, test urinaire des métabolites fongiques). *
• Un examen mycologique en cas de suspicion de candidose vaginale ou buccale.

*Test de selles : Quelle que soit la technique utilisée, les analyses de selles ne sont pas fiables pour diagnostiquer un SIFO. En effet, le Candida est un opportuniste naturel du côlon, et sa présence, même en grande quantité, ne fournit aucune indication sur l’état de l’intestin grêle.

Approches Thérapeutiques et Prise en Charge Holistique

1. Antifongiques naturels ciblés en 1^er intention :
   • Antifongiques naturels (extrait de pépins de pamplemousse, huile d’origan, acide caprylique)
2. Régime anti-candida :
   • Réduction des sucres et glucides raffinés
   • Favoriser les aliments antifongiques naturels (ail, gingembre, curcuma, huile de coco)
   • Soutenir le foie avec des aliments riches en soufre (brocoli, ail, oignon)
3. Rééquilibrage du microbiote :
   • Probiotiques spécifiques (Lactobacillus acidophilus, Saccharomyces boulardii)
   • Prébiotiques bien tolérés pour restaurer la flore bénéfique
4. Soutien du système immunitaire :
   • Gestion du stress (méditation, yoga, cohérence cardiaque)
   • Optimisation du sommeil et du statut micronutritionnel (zinc, vitamine D, fer)

5. Médicaments antifongiques dans certains cas sont nécessaires. En accord avec votre médecine prescripteur. (Courrier adressé à votre médecin)

CONCLUSION

SIBO et candidose sont deux déséquilibres intestinaux fréquents, souvent interconnectés, nécessitant une prise en charge adaptée et holistique.

Une approche combinant nutrition, phytothérapie, soutien digestif et gestion du stress permet de rétablir l’équilibre du microbiote et d’améliorer durablement la qualité de vie des patients.

N’hésitez pas à prendre RDV ou à m’écrire pour plus de renseignements !

1. Betty Dodet, Med Sci (Paris) 2016, 32 : 1003-1008. « Le microbiote : Cet inconnu qui réside en nous »
   2. Ronald D. Hills, Jr, Benjamin A.Pontefract, Nutrients. 2019 Jul ;11(7) :1613.

Des mécanismes importants peuvent conduire à divers troubles intestinaux. Parmi ces mécanismes, on note :

Une insuffisance digestive, une hyperperméabilité intestinale, une inflammation, une dysbiose (prolifération bactérienne ou fongique – Candida Albicans) ou modification du microbiote intestinal et une intolérance alimentaire.

 

Parmi les pathologies du système digestif on retrouve :

• Les pathologies gastriques : Reflux gastriques, HP, troubles digestifs (Eructation, rots), brûlures d’estomac
• Les pathologies intestinales : SIBO (prolifération bactérienne ou colonisation par bactéries pathogènes), candidose et SII (Syndrome de l’intestin irritable), transit intestinale perturbé, côlon irritable etc.
• Les maladies inflammatoires et immunitaires paroi intestinale) : Crohn et RCH (Rectocolite Hémorragique)
• Les insuffisances digestives : Hépatobiliaire ou pancréatique
• La maladie coeliaque ou intolérance au gluten

Les analyses préventives :

Les bilans d’exploration du microbiote intestinal sont inspirés par des milliers de publications impliquant le microbiote dans l’apparition de la plus part des maladies.

Des laboratoires bien spécifiques ont développé des outils performants tels que la Métagénomique, permettant d’évaluer de manière précise, les bactéries intestinales.

Exemple d’un bilan d’exploration du microbiote intestinal Laboratoire LIMS : Accéder au PDF

D’autres analyses comprennent :

Le Fécalogramme, la Calprotectine, le MOM, la Zonuline, la Métabolomique (métabolite du microbiote) souvent aidés d’autres marqueurs tels que les acides gras, des marqueurs génétique (FUT2) et autres.

Chaque marqueur est préconisé en fonction de la clinique soit :

De SII (Syndrome de l’Intestin Irritable), de ballonnements excessifs, d’insuffisance gastrique, de douleurs, de flatulences, de trouble du transit (alternance diarrhée/constipation) associés ou pas à des troubles neuropsychiques (système nerveux), auto-immuns ou immunitaires, autres pathologies/chroniques, prolifération de bactérie ou champignons pathogènes entrainant Diarrhées, selles filandreuses, collantes, odorantes, ballonnements, flatulences, gaz etc.

La santé de votre muqueuse intestinale est également importante : La muqueuse de la barrière intestinale (Grêle, Côlon) est un écosystème unique et complet. Il héberge des milliards de bactéries (Coliques).

Le mucus jouerait le rôle de barrière protectrice des germes, des microbes ou molécules toxiques : Pesticides, macromolécules non digérées; et protégerait les tissus (épithélium). Le Mucus contient beaucoup d’eau, de glucides, de lipides et sa stabilité est assurée par des mucines.

Ce mucus a une intense activité antimicrobienne et antifongique (Candida Albicans impliqué dans les mycoses, la fatigue, les infections urinaires à répétition, les troubles de la mémoire, les reflux gastriques).

Des marqueurs qui permettent une prise en charge précise et personnalisée :

• Un régime d’épargne digestive
  NB : Une naturopathe n’est pas une diététicienne, son approche est d’orientée au mieux le patient vers des modèles alimentaires sains. Le patient peut être invité à consulter une diététicienne afin de compléter son régime quotidien si besoin (recettes etc).
• Une orientation vers un régime méditerranéen ou éviction de certains aliments (Fodmaps etc).
• Le conseil en micronutrition dépendra du résultat des analyses, il peut comprendre des enzymes digestives, de la glutamine, polyphénols, des pro ou prébiotiques, des vitamines telle que la Vitamine D qui joue un rôle anti-inflammatoire au niveau du côlon, de la phytothérapie et autres nutriments ou protocoles pertinents
• NB : Un bilan de contrôle peut être proposé. Il présente un intérêt pour objectiver l’efficacité des recommandations et/ou, de la complémentation et suivre l’évolution du client. Votre thérapeute reste à votre disposition pour tout renseignement complémentaire.

Naturopathe Lyon : Mon cabinet se trouve en région lyonnaise.

La consultation en visio est également disponible.

N’hésitez pas à me contacter pour de plus amples renseignements